Cerita seputar pangeran sebuah negara kerajaan Highland yang bernama Luca Blight ingin menghancurkan beberapa wilayah negara Jowston, terutama kota Muse. Luca Blight mempunyai pengalaman masa kecil yang buruk dan pahit sehingga merubah sifatnya menjadi kejam dan dingin. Salah satu cara untuk membuat peperangan antara negaranya Highland dan Jowston berperang adalah dengan teknik adu domba, dimana Luca Blight menyerang salahsatu kelompok Brigadir Muda Highland dan menumpahkan kesalahan itu ke Jowston, sehingga kemudian Highland menyerang satu per satu kota utama Jowston mulai dari Muse, Greenhill, Two River, Tinto, Matilda, dan Southwindow. Luca Blight juga membakar desa Toto, Ryube, dan benteng-benteng Jowston. Diantara kelompok Brigadir Muda Highland terdapat 2 pemuda yang bernama Riou dan Jowy, yang dimana Riou adalah pemeran utama dalam permainan ini. Kedua orang ini berumur antara 15-17 tahun dan merupakan sahabat baik karena dibesarkan bersama. Riou adalah seorang anak yatim dan dibesarkan oleh seseorang yang dianggap sebagai kakek angkatnya, Genkaku. Riou dibesarkan oleh Genkaku bersama dengan seorang wanita bernama Nanami yang dianggap sebagai kakak perempuan oleh Riou. Setelah penyerangan Luca ke kelompok Brigadir Muda Highland, Riou dan Jowy berhasil melarikan diri dengan melompat melalui tebing di daerah Tenzan Pass.
Setelah mereka melompat, Riou pingsan dan setelah bangun dari sadar, dia menyadari dirinya sedang berada didaerah Jowston dan kemudian ditangkap oleh pasukan Jowston, sedangkan Jowy diselamatkan oleh seorang anak kecil yang bernama Pilika yang berasal dari desa Toto. Jowy berhasil menyelamatkan Riou yang ditangkap oleh pasukan Jowston dan kembali ke kampung halaman mereka di Kyaro dan bertemu dengan Nanami. Tetapi pasukan Rowd (salah satu anak buah Luca) datang untuk menangkap mereka, disaat itu pasukan Flik dan Viktor dari Jowston datang dan menyelamatkan mereka. Setelah mengetahui bahwa Luca sendiri yang berada dibalik ambisius ini, Riou dan Jowy menyadarinya dan bergabung dengan Jowston. Mereka kemudian mendengar berita bahwa pasukan Highland telah membakar desa Toto dan Ryube, dan Pilika seorang anak kecil yang menyelamatkan Jowy dulu, telah kehilangan suaranya akibat trauma karena kedua orang tuanya dibunuh oleh pasukan Highland.
Saat di Toto, Riou dan Jowy bertemu dengan seorang wanita misterius yang bernama Leknaat dan mengatakan bahwa takdir telah memutuskan bahwa mereka berdua harus menerima pecahan Rune of Beginning, rune itu terbagi 2, yang satu bernama Bright Shield Rune diambil oleh Riou, dan yang lain bernama Black Sword Rune diambil oleh Jowy. Bersama dengan Flik dan Viktor, mereka menuju ke beberapa daerah untuk menginformasikan tentang ambisi Luca, dan akhirnya mereka sampai ke sebuah daerah yang telah hancur bernama North Window, kota ini telah dihancurkan oleh Vampir bernama Neclord. Kota ini lah yang kemudian menjadi markas utama dari Riou untuk menggalang kekuatan.
Pada awalnya pasukan jowston sangat lemah dan sering dikalahkan, tetapi setelah mereka berhasil merekrut seorang ahli strategi bernama Shu, kemudian keadaan berbalik, ditambah lagi semua pasukan dari kota-kota utama Jowston bersatu. Pada akhirnya Jowston berhasil mengalahkan Highland melalui penyerangan ke ibukota Highland, L`Renouille. Dan kemudian negara Highland jatuh dan menjadi salah satu bagian dari kota utama Jowston, tetapi disaat itu juga kota utama lainnya, Tinto, menyatakan diri untuk berpisah dengan Jowston dan membentuk negara sendiri dengan nama Republik Tinto. Kerajaan Jowston kemudian berganti nama menjadi Republik Dunan.
